计算机化学研究小组

分子信息学


  • 互联网上的分子信息学
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    • 目的
    •     互联网很快成为科学信息出版的主要媒体和下一代信息技术的孵化器。它被评为科学家赏识它的潜力和如何把它应用在特殊的学科。熟悉网络工具和操作正在成为所有组织的标准。这表明分子信息有用的。
          这个课程将给你当前和未来互联网上分子信息学发展的正确评价并且你将学到相关的资源和工具。
    • 目标
      • 执行有效的分子信息搜寻
      • 知道如何从互联网上获得分子工具
      • 使用互联网上的多种交互式分子服务
      • 知道最重要的国家和国际组织的站点以及他们的作用
      • 将这些与实验室自己开发的资源相结合
    • 面向对象
    •     活跃在生物或者化学和那些需要搜寻信息的领域的代表
    • 课程教材
      • 通用的指导在互联网上的应用(包括协议,通用工具,历史等)
      • 通用搜索引擎的概述和列表
      • 通用工具(FTP,电子邮件等)的安装和使用说明
      • 互联网上的专业分子站点(PDB, EBI, NCBI, NIH, NIST, Universities等)概述
      • 关键分子站点的列表
      • 独立工具(RasMOL等)
    • 应用实践
      • 搜寻分子
      • 搜寻蛋白质序列和结构
      • 安装和运行分子阅读器
      • 队列次序的交互式服务
    • 链接示例
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  • 分子的结构和性质
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    • 目的
    •     分子性质能从化学结构计算得到。
          这课程如何获取计算值,如何描述分子结构和在性质计算中用分子结构和利用性质数据库。
    • 目标
    •     理解和运用三维分子结构、连接表、分子的几何性质、量子力学性质、物理性质、它们的综合和分子性质数据库。
    • 面向对象
    •     那些希望预知分子的物理和生物性质的人。要求具有化学应用知识。
    • 课程教材
      • 一般习惯的分子格式概述
      • 三维显示和分析工具
      • 互联网上主要服务的超级链接
      • 互联网上工具和数据库的超级链接
      • 联合利华资源
    • 应用实践
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  • 蛋白质结构和配体结合

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    • 目的
      • 蛋白质结构和它与小分子的相互作用是生物过程的关键
      • 课程提供了基本知识关于蛋白质结构和其他分子交互作用的原理
    • 目标
      • 理解蛋白质的一级/二级/三级/四级结构
      • 搜寻和找回已知蛋白质的结构
      • 分析To analyse a given striker in terms of its activity
      • 创建有意义的蛋白质显示
      • 理解配体结3合的原理
      • 利用同系现象
    • 读者对象
    •     对分子水平生物研究和希望增长蛋白质结构知识的科学家
    • 课程教材
      • 分子阅读器
      • 蛋白质数据库应用指南
      • ReLiBase指南
      • 酶和抗体的实例研究
    • 应用实践
      • 搜寻蛋白质数据库
      • 运行ReLiBase和LigPlot
      • 显示蛋白质的不同特征
      • 显示突变效果

       

  • 数据分析的介绍
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    • 目的
      • 帮助你获取最多的你的和其他人的数据
      • 理解和选择最好的数据分析工具
      • 安装和执行分析数据设置
      • 创建一个基本的数据分析和现代工具
    • 目标
      • 知道和鉴赏专业统计支持的价值
      • 知道在什么时候当你不懂和要求支持
      • 简单的数据库查询
      • 熟悉基本统计包
      • 正确评价方差
      • 可视化工具的基本经验
      • 新发展基本范围
    • 面向对象
    •     那些没有统计学背景知识又要面对数据集者
    • 课程教材
      • 实例研究材料
      • 统计软件包课程指南(例如SAS, Statview, 或者其他)
      • 可视化软件包指南(例如SpotFire, Pirouette
      • 数据库查询指南
    • 应用实践
      • 数据库查询
      • 统计分析
      • 数据可视化

       

  • 获取实验数据
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    • 目的
      • 创建好的实验设计和数据获取原理
      • 避免普遍问题
      • 能够安装数据加强实验用已知的设计原则
    • 目标
      • 理解表述数据的原理
      • 简单的数据库设计
      • 再现性检测
      • 数据库搜寻
      • 实验设计原理
      • 处理不同种类的数据
      • 数据字典和元数据
    • 面向对象
    •     包含大量新数据实验的设计者
    • 课程教材
      • 事例研究材料
      • 关系数据库指南
      • 实验设计指南
      • 应用实验
      • 建立和组装关系数据
      • 实验设计案例研究

        
  • 分子建模
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    • 目的
      • 给分子建模以适当的价值
      • 理解分子建模技术与工具,并评估其结果
    • 目标
      • 创建三维分子结构
      • 分子可视化
      • 蛋白质和核酸结构
      • 建立蛋白质和核酸基本的二级结构
      • 理解基本的力场
      • 基本的分子轨道计算
    • 面向对象
    •     那些用分子建模结果的人
    • 课程教材
      • 分子建模软件包应用指南(例如CERIUSSYBYL
      • 力场概述
      • 案例研究
      • 一个简单的分子轨道软件包的使用指南
    • 应用实践
      • 创建三维分子结构
      • 从数据库中找到三维结构
      • 运行简单的构想分析
      • 能量最小化
      • 比较不同的工具或者搜寻的结果
      • 三维搜索
      • 同系建模

       

  • 分子科学家利用Java编程
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    • 目的
      • Java是首选的基于Web应用的编程语言,广泛的应用在分子科学,价格低廉,易于使用
      • 课程将是你学到如何写简单的Java程序包括图形显示
    • 目标
      • 介绍面向对象编程
      • 代码重复利用
      • 图书馆的利用
      • Java的图形编程
      • 分子科学的Java支持
      • Java和浏览器
    • 面向对象
    •     那些对信息学和显示或者数据分析程序感兴趣且有编程经验者
    • 课程教材
      • Java指南
      • Java库指南
      • 显示序列工具
      • 显示分子工具
      • 图形工具
      • Java相关链接列表
      • 基本的Java环境(JRE和JDK)
    • 应用实践
      • 编辑和编译Java程序
      • 写Java的程序
      • 打包和发布Java的程序
    • 示例链接

    • 站点链接有几个连接到包含课程内容的WWW站点例子
      • Java主页
      • BioJava计划 - 生物信息学Java工具开发者国际联合会
      • JaMBW - 基于Java的分子生物学工作台
      • CINEMA - 交互式多队列编辑器
      • Shuffle - 随机的混乱次序
      • Magnus - 基于Java开发的分子科学工具

       

       
  • XML用于分子科学
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    • 目的

    •     XML是世界语对于创建文件和数据,尤其是在Web上,它正在成为科学出版的语言
          本课程将教你学会基本的标记语言和如何使他们提高效率在数据获取和重复利用
    • 目标
      • 知道如何创建和编辑XML文件
      • 理解文件结构
      • 在浏览器中使用XML
      • 通过XML扩展和重复利用信息
      • 知道生物学和化学中的XML
    • 面向对象
      • 那些准备通过网络使用或再使用文件者
      • Web站点管理者
      • 软件维护者和实验设计者
      • 要求有创建HTML的经验
    • 课程材料
      • XML编辑器、浏览器和确认
      • XML样本文档,DTD(document type definition)文件类型定义和框图
      • 样式表
      • 化学和生物标记的例子和程序
    • 应用实践
      • 创建XML文档
      • 文挡的显示和确认
      • 通过样式表重复使用文档和数据
      • XML中的图形、化学和生物学例子
    • 链接示例

    • 有几个连接到包含课程内容的WWW站点例子

       

  • 寻找科学信息
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    • 目的
    •     许多通用的科学信息搜索现在能被科学家自己做。
          这节课程将帮助你最高效的找到科学信息,尤其是分子科学。
    • 目标
      • 知道主要的信息资源和他们获取的方法
      • 创建特殊的和一般的查询
      • 搜索特殊的和一般的化学规则
      • 搜索分子性质
      • 搜索专利文献
      • 联合利华资源
    • 面向对象
    •     分子科学的研究者
    • 课程教材
    • 应用实践
      • 访问在线信息资源
      • 创建模糊和精确查询
      • 创建分子查询
      • 专利搜索

(更新时间:2017-04-20 14:10:30)


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